《終末的後宮》故事建立在 2040 年的未來,一名叫做水原怜人的醫學界高材生,因罹患了當時醫療技術無法醫治的罕見疾病「細胞硬化症」,並聽從醫生的指示冷凍沉睡了五年好來發明解藥。但未料這段期間因「MK病毒」,也就是男性殺手病毒席捲全球,以致全世界僅剩下包含怜人等五位男性存活。而當怜人一醒來就必須背負延續人類文化的使命,必須與這世上大量的女性進行交配。